Poza kwestiami technicznymi Ministerstwo musi pracować nad odpowiednimi przepisami oraz regulacjami prawnymi dotyczącymi KSeF. W związku z tym, w kwietniu 2024 roku (jeszcze przed podaniem nowego terminu obowiązkowego KSeF), Ministerstwo Finansów przedstawiło projekt rozwiązań prawnych obejmujący zmiany w zakresie obowiązkowego e-fakturowania w KSeF.

Wyniki audytu KSeF wykazały konieczność opracowania nowej architektury system, co oznacza praktycznie konieczność rozpoczęcia procesu wdrażania od nowa. KSeF ma wejść w życie 1 lutego 2026 roku dla przedsiębiorców, których wartość sprzedaży przekroczyła 200 milionów złotych. Od 1 kwietnia 2026 roku ma to zaś obowiązywać dla wszystkich przedsiębiorców.